新形势下，按照习近平总书记考察上海的重要指示要求，上海将全面深化“五个中心”建设。其中，科创中心要“建之有效、建之有用”，可以“基础研究特区”为抓手，深化制度创新，做强创新引擎。
第一，扩充资金池，确保“好钢用在刀刃上”。
不同于传统项目，“基础研究特区”在实施周期、实施方法等方面有自己的特点。上海在“基础研究特区”上创新性提出，选择基础研究优势突出的部分高校和科研院所率先开展试点，由政府和试点单位1比1配套投入经费，面向选定的团队给予长期、稳定的支持。
在此基础上，可通过增加财政投入、吸纳社会多元投入（如社会科学基金、捐赠）以及成果转化等形式，撬动更多资金投入基础研究，扩充“基础研究特区”资金池，确保“好钢用在刀刃上”。
第二，落实科研自主权，打造开放协同创新网络。
当前，试点单位基于“基础研究特区”赋予的科研自主权，在实施方法、经费使用和评价标准等方面下功夫。比如，复旦大学通过简化审批流程等，让原本需要半年多的立项过程缩短至两三个月；上海交通大学推出多种选拔机制以充分选拔人才，包括揭榜挂帅、院士推荐、学院推荐等；中科院上海分院扩大科研经费“包干制”实施范围，并尝试设置项目专员制。
下一步，在“特区”与“特区”之间，可强化科技创新政策协同和机制联动，促进创新要素自由流动；拓展“特区”功能，加强试点单位合作交流，打造开放协同的创新网络，共同承担国家重点研发计划。
第三，开展务实对话，加强国际合作。
“基础研究特区”制度实施以来，试点单位确立了各自的聚焦方向。比如，复旦大学重点聚焦物质材料、信息智能、生命科学、环境气候等领域；上海交通大学以《自然》杂志出版的“125个科学问题”为对照，聚焦海洋、健康、信息、能源等领域，遴选26名科学家、20个项目；中科院上海分院进一步关注涉及上海现代产业发展的“3+8+X”领域，遴选出25个具有前瞻性的基础研究项目。
新一轮科技革命和产业变革兴起，一些基本科学问题孕育重大突破，可望催生新的科学思想、科学理论，产生颠覆性技术。各单位主体应具备国际前沿视角、国家战略视角、地区发展视角以及科创机制联动视角，深化前沿科技问题交流，开展研究成果和创新政策务实对话，加强同世界各国科研人员的联合研发力度，协同解决人类社会共同面临的重大科学难题。
第四，鼓励探索试错，让科学家“无后顾之忧”。
与“跟随型研究”相比，基础研究具有更高的风险性、不确定性。如何让科学家“无后顾之忧”，是一个需要深入探讨和破解的问题。
过去，科研项目资助存在许多不利于基础研究的不足。特别是，硬性要求申请材料的完整性、过多强调科研成果的可预见性等，导致不少科研人员不得不去搏“短平快”的项目，体现原始创新的成果占比较小。
“基础研究特区”以激发创新潜力为核心，为科研人员搭建了一座鼓励开放探索、允许试错的舞台。比如，复旦大学航空航天系的宇宙光帆薄膜项目，基于物理学家霍金“突破摄星”的构想，得以立项通过；上海交通大学材料科学与工程学院研发全天候、可移动、超时长的便携式稳定电源器件，成功入选“特区”项目。
初步来看，“基础研究特区”解决了“快鱼吃慢鱼”现象，构建起基础领域人才引、育、用、评新范式，给出了破解“从0到1”难题的“上海答案”，是科创中心建设的重要制度创新成果。
